Feche o Rhythmbox e exclua o banco de dados do Rhythmbox em ~/.local/share/rhythmbox/rhythmdb.xml .
Se você também quiser que o Rhythmbox esqueça os caminhos de sua biblioteca (os diretórios onde ele procura música automaticamente), então você precisa excluí-los do dconf:
gsettings set org.gnome.rhythmbox.rhythmdb locations "['file:///dev/null']"
Você pode definir novos caminhos na GUI do Rhythmbox, em Edit -> Preferences -> Music .
(Observe que
gsettings reset org.gnome.rhythmbox.rhythmdb locations
não funciona corretamente, desde então o Rhythmbox tenta ser "inteligente" e usa seu diretório inicial como um valor padrão. Usar /dev/null acima evita isso; alternativamente, você poderia definir diretamente os caminhos da biblioteca usando gsettings set ).