Um dos melhores clientes que encontrei é a Transmissão.
Ele suporta links magnéticos, passagem NAT e todo o tipo de operações em arquivos que eu cresci acostumado a partir do uTorrent 2.x. Isso inclui selecionar / desativar determinados arquivos de um torrent e mover arquivos para outro local de download ou selecionar um local quando um torrent é carregado.
Para usar o Transmission, você terá que executar o daemon que é o "downloader" de segundo plano e acessá-lo com um cliente GUI ou CLI.
Adicionar um ímã quando o daemon de transmissão está sendo executado em uma determinada porta é uma simples questão:
transmission-remote lanbox:9191 --add magnet:?xt=urn:btih:78a93b68819100e4 (...)
Onde lanbox é um alias de host e 9191 é a porta de escuta do daemon de transmissão.