No passado, eu usei o rdiff-backup ( link ), mas não recomendo pelas razões que estou explicando abaixo. O rdiff-backup é um script python de linha de comando e pode ser usado no Windows nativamente ou via cygwin ( link ).
Parei de usá-lo devido a alguns problemas de confiabilidade que fizeram com que o software parasse no meio do backup - em algum momento, corrompendo o próprio backup. Eu suspeito que estes poderiam ser específicos da minha configuração (~ 1T de dados para backup, arquivos de monitoramento do TortoiseSVN, Antivírus), mas eu não recomendaria uma solução de backup que não pudesse lidar com essas condições.
De qualquer forma, talvez você queira executar alguns testes e - se suas habilidades em python forem melhores que as minhas - tente consertá-lo.