Enquanto isso, descobri o motivo do problema.
Alguns dias antes de tentar importar certificados com chaves privadas, alterei os direitos de acesso ao diretório do local em que as chaves particulares estão armazenadas. Eu fiz o seguinte:
cacls "C:\Dokumente und Einstellungen\All Users\Anwendungsdaten\Microsoft\Crypto\RSA\MachineKeys" /E /G "NT-AUTORITÄT\NETZWERKDIENST":R
Depois disso, não consegui importar certificados contendo chaves privadas. Assim que eu revoguei esse direito de acesso específico, a importação de certificados funcionou bem.
Não entendo, por que adicionar um direito de acesso resultará em praticamente menos direitos de acesso.
No entanto, espero que isso ajude alguém com o mesmo problema.