Não é normal que você tenha que desligar seu computador para inicializar o Ubuntu instalado com o Wubi. Com o Windows 8, o Boot Manager reinicia automaticamente o computador quando você seleciona para inicializar em outro SO devido à maneira como o Windows 8 implementa automaticamente o 'início rápido'. Início rápido significa que o Windows irá realmente hibernar a sessão do sistema mesmo quando você desligar.
Ao selecionar um sistema operacional alternativo, o Windows 8 remove a imagem hibernada (caso contrário, a partição NTFS seria bloqueada para montagem) e define o Ubuntu como padrão único, antes da reinicialização.
O fato de você ter que desligar a força aqui indica que há alguns problemas não relacionados ao Wubi. Eu recomendaria a execução de uma verificação do sistema de arquivos (chkdsk / f), a verificação de atualizações do BIOS, procurando por problemas de hardware.
Além disso, como você disse que o Windows 8 também é lento, isso indica algo mais geral.
Embora o Wubi seja um pouco mais lento que o Ubuntu, não é tão lento quanto muitas pessoas afirmam. Dito isto, ao fazer uma inicialização dupla normal, ele não estará usando o sistema de arquivos NTFS subjacente, portanto, poderá resolver os problemas que você está vendo (se não relacionados a hardware).
Eu também recomendaria uma inicialização dupla normal sobre o Wubi, já que há menos chances de corrupção do sistema de arquivos e perda de dados.