Eu não tenho win2k3 no momento, então não posso dar instruções exatas, mas você sempre pode dar uma olhada em tarefas agendadas (deve estar em acessórios no menu Iniciar, se bem me lembro) e encontrar a desfragmentação automática se ti está lá. Eu não tenho 100% de certeza que o win2k3 tem a desfragmentação automática agendada.
EDIT: Acabei de encontrar um artigo sobre como ativar a desfragmentação automática no Windows Server 2003, então eu diria que não está habilitado por padrão. Eu posso estar errado, então seria melhor verificar se a tarefa não está lá para partições no SSD.