Isso pode ocorrer em janelas que alteram a resolução quando a tela é desativada. Isso não deveria acontecer, mas eu poderia imaginar o Windows fazendo algo bobo, como decidir que o monitor de repente não pode lidar com mais de 640x480 ou algo assim quando o monitor é colocado no modo de suspensão.
Se estiver fazendo isso, você encontrará todas as janelas encolhidas e reunidas em um só lugar.
Eu não tenho ideia de como você iria parar isso - talvez tenha certeza de ter os drivers de vídeo e monitor instalados mais recentes para ajudar.