Um pouco tarde para dizer isso, mas eu tive exatamente o mesmo problema com o Audacity no Ubuntu 10.10.
Para corrigir (isso funcionou com o Audacity e o FileZilla), faça o seguinte:
Abra o Terminal e digite:
sudo mv /usr/bin/filezilla /usr/bin/prog-filezilla
Isso renomeia o executável do FileZilla. Agora, para criar um pseudo-executável fixo, execute isto:
gksudo gedit /usr/bin/filezilla
Agora com o Editor de texto aberto, digite isso no arquivo:
#!/bin/bash
export UBUNTU_MENUPROXY=0
prog-filezilla
Isso faz uma espécie de FileZilla "sandboxed" que usa a variável de ambiente UBUNTU_MENUPROXY quando você a executa.
Agora, basta tornar o arquivo executável:
sudo chmod a+x /usr/bin/filezilla
Agora, basta executar o atalho e você deve ter um FileZilla de boa aparência! (Tanto quanto eu posso dizer, isso deve funcionar com mais do que apenas Audacity e Filezilla)