Primeiro, tente procurar em Preferências > Teclado > Layouts > Opções de layout sob o comportamento da tecla Alt / Win se houver uma opção adequada para você.
Se isso não for feito para você, estes xmodmap Os comandos mudariam para a esquerda Ctrl com a esquerda Alt (pelo menos com o meu teclado).
xmodmap -e 'keycode 37 = Alt_L ISO_Prev_Group ISO_Prev_Group NoSymbol ISO_Prev_Group'
xmodmap -e 'keycode 64 = Control_L'
Para obter seu código de acesso, você pode executar o programa xev em uma janela de terminal e pressione primeiro Ctrl e anote o código de acesso, depois Alt para obter o código de acesso.