O FileZilla não possui argumentos de linha de comando (nem de outra forma) que permitam a transferência automática. Veja:
Argumentos da linha de comando do FileZilla Client
link
Como faço para enviar um arquivo com FileZilla da linha de comando?
Embora você possa usar qualquer outro cliente que permita automação. Você não especificou qual protocolo está usando, o FTP ou o SFTP.
Você definitivamente será capaz de usar o WinSCP, pois suporta todos os protocolos que o FileZilla faz (e mais).
Veja link
O script típico do WinSCP para upload parece com:
open sftp://user:[email protected]/ -hostkey="ssh-rsa 2048 xx:xx:xx:xx:xx:xx:xx:xx..."
put c:\mypdfs\*.pdf /home/user/
exit
Para executar o script, use:
WinSCP.com /log=ftp.log /script=script.txt
Isto é para SFTP. Se você estiver usando FTP, basta substituir o sftp://
pelo ftp://
e remover o -hostkey=...
Para detalhes, consulte o guia de automação do FileZilla .
(eu sou o autor do WinSCP)
Outra opção, se você estiver usando SFTP, é o cliente psftp: link