O problema mais provável é um disco defeituoso, a menos que o disco esteja montado em uma rede; nesse caso, acredito que problemas de rede também poderiam causar isso.
É provável que o impacto do tamanho seja estatístico, especialmente no caso da rede (ou seja, a chance de falha aumenta com o tamanho porque mais operações estão envolvidas e cada uma tem a chance de falhar).