Você está querendo encontrar as diferenças nos arquivos em duas pastas e mesclar as alterações?
Se você estiver procurando por um utilitário de GUI, você pode usar o FileMerge, que pode ser encontrado em /Developer/Applications/Utilities/
se você tiver as Ferramentas de Desenvolvedor da Apple instaladas. Tem alguns bugs estranhos - principalmente para lidar com a codificação de arquivos.
Se você está procurando algo mais rápido e melhor, confira Changes.app - não é barato, mas valeu a pena o preço de admissão várias vezes para mim.
Se você quiser fazê-lo através da linha de comando, você pode usar diff
para encontrar as diferenças e, em seguida, mesclar manualmente os arquivos juntos, uma vez que listará todas as diferenças. (ex. diff ~/Desktop/a ~/Desktop/b
)