Eu já fiz isso com bastante frequência agora - quase toda vez que fiz upgrade do meu sistema ou (especialmente) quando mudei para outra distro. Eu normalmente faço logout, vou para um console e efetuo login como root diretamente (ou dependendo da configuração do sistema, como outro usuário e alterno para root), cd para / home folder e simplesmente altero o nome da pasta inicial do meu usuário, por exemplo para "myUserName.bak". por exemplo:
sudo mv /home/myUserName /home/myUserName.bak
Após a instalação, posso mover com segurança todos os dados necessários para a pasta base recém-criada para o meu usuário. (Esse também é um bom ponto para pensar se você realmente precisa dessa pasta de arquivos grandes que nunca tocou nos últimos dois anos;))
edite como sugerido pelos comentários: antes que você possa acessar os arquivos e pastas de sua pasta home renomeada, você precisa
sudo chown -R newUser.newUsersGroup /home/myUserName.bak