Sim, a opção -y junto com update é totalmente redundante, mas aceita devido aos muitos poderes que apt e apt-get têm.
Para deixar isso claro, apt-get aceitaria qualquer opção global válida que fizesse sentido com o comando. Se você passar qualquer outra coisa, ele reclamaria. (Obrigado a @Braiam por apontar isto)
Em uma nota pessoal, eu faço uma carranca em tutoriais dando conselhos para executar uma opção como upgrade e assim por diante com a opção -y , porque ela remove uma camada de reconsideração para o usuário. No entanto, ele tem o objetivo de executar tarefas de script e, em seguida, pode ir junto com -qq , o que limita toda a saída.