Tente fazer isso por meio do prompt de comando. Vá para Iniciar - > Execute: cmd - > Digite
Execute o seguinte:
format (Drive letter): /FS:FAT32
Você não precisa usar o prompt do cmd algumas vezes. Mas a seguinte maneira pode realmente levar o dobro do tempo ou não como o exemplo acima, mas você poderia usá-lo se você estiver desconfortável usando o prompt cmd.
Formate o disco como NTFS usando primeiro. Quando isso estiver concluído, clique com o botão direito do mouse na partição e escolha Formatar. No File System, você pode selecionar FAT32 no menu suspenso.
O motivo pelo qual você não pode fazer isso diretamente é porque o Windows tem isso limitado através da GUI.
De: link
The Windows 2000/XP installation program and filesystem creation tool imposes a limitation of 32 GiB [18]. However, both systems can read and write to FAT32 file systems of any size. This limitation is by design and according to Microsoft was imposed because many tasks on a very large FAT32 file system become slow and inefficient.
...
The maximum possible size for a file on a FAT32 volume is 4 GiB minus 1 byte (232−1 bytes). Video applications, large databases, and some other software easily exceed this limit. Larger files require another formatting type such as NTFS.