Baseado em você dizer que às vezes quando falha, o SSD não aparece na ordem de inicialização, acredito que seu SSD tenha um tempo de início lento (veja se seu BIOS tem opção de adicionar um atraso de início alguns segundos).
Dito isto, as alterações que você fez não devem ter afetado nada e se você não foi aconselhado a definir um atraso em algum conselho, e como ele começou recentemente, acredito que seu SSD pode estar falhando.
Gostaria de verificar se o seu fabricante possui atualizações disponíveis ou um teste de integridade que você pode executar no seu dispositivo.