O redirecionamento para um arquivo é tratado pelo bash. Por conseguinte, não herda as permissões concedidas pelo sudo.
Use sudo tee
para gravar em um arquivo como root.
Tente isto:
cat | sed -e 's,%,$,g' | sudo tee /etc/init.d/dropbox << EOF
echo "Hello World"
EOF
Observe que $,
entre aspas duplas pode ser interpretado.