Esses arquivos podem pertencer a outros pacotes, que também fornecem alguns modos do emacs. Você pode verificar a partir de qual pacote RPM este arquivo usando o comando rpm, por exemplo:
rpm -qf /usr/share/emacs/path/to/file
Não é uma boa idéia excluir manualmente os arquivos do sistema. Eu sugiro usar seu gerenciador de pacotes para isso.