Um estilo destina-se a modificar a aparência do texto ao qual ele é aplicado, incluindo cor. Você não quer impedir isso. Se você não gosta da cor que está aplicando, você deve mudar o estilo em si. Se você quiser manter o estilo antigo para outros documentos, mas alterar a cor de um documento específico, basta fazer uma cópia do estilo, modificar a cópia e aplicar o estilo modificado em vez do original.
Para criar um novo estilo, vá para a guia inicial. Na faixa de opções, há uma seção chamada Styles. No canto inferior direito, há um elemento de interface do usuário, um pequeno ângulo reto com uma seta apontando para longe dele. Clique nele e você verá uma janela flutuante listando todos os estilos. Selecione o estilo que você deseja alterar na lista. Abaixo da lista, existem três botões. Se você quiser fazer uma cópia com base na antiga, selecione o botão para criar um novo estilo. Se você quiser alterar o antigo, selecione o botão para gerenciar estilos. Uma nova janela é aberta com outra lista de estilos, onde seu estilo ainda está selecionado. Sobre o meio há um botão de modificação, clique nele.
Em ambos os casos, você vê uma nova janela onde você pode modificar o estilo (nova cópia do). Em Formatar, há uma caixa suspensa onde você pode selecionar a cor da fonte desejada. Escolha a cor que você gosta, salve suas alterações e pronto.
Se você tem um esquema de cores corporativo e deseja usar os layouts padrão do Word 2007, mas com seu próprio esquema de cores, há uma maneira fácil de fazer isso. Na seção Estilos da faixa de opções, na guia Iniciar, há o grande botão chamado "Alterar estilos". Clicar nele abre um pequeno menu. Selecione as cores e você terá a escolha dos esquemas de cores típicos do Word 2007. Na parte inferior, há uma opção chamada "Criar novas cores de design". Lá você pode definir cores para diferentes propósitos. A escolha do esquema mudará as cores dos estilos padrão para os novos, e você sempre poderá voltar ao padrão escolhendo novamente o esquema de cores integrado "Larissa".
Disclaimer: Como eu tive que retroceder do meu Word não inglês, talvez eu tenha errado os nomes de alguns elementos da UI, mas eu acho que será fácil encontrá-los.
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Os estilos destinam-se a alterar a formatação do texto; não acho que haja uma maneira de impedir esse comportamento. No entanto, não vejo motivo para aplicar um estilo. Basta colar o código e selecione a opção para preservar a formatação original. Eu apenas tentei com o código do Eclipse, acho que ele suportará a formatação de outros IDEs também.
Além disso, o que você estiver fazendo, talvez esteja tentando resolver seu problema de maneira errada. Espero que você não esteja tentando programar no Word. Se você está escrevendo algum tipo de tutorial de codificação, por que você precisa do código como texto? Você pode incluir os exemplos como capturas de tela. Ou você poderia escrever a coisa toda no LaTeX (se você conhece o LaTeX ou se o seu layout é básico o suficiente), porque existem maneiras de sintetizar trechos de código no LaTeX, ou para gerar a sintaxe destacada do LaTeX a partir de um código fonte. Ou se você está tão desesperado, faça a coisa toda em HTML. Use CSS para o layout do texto genérico em torno do código, em seguida, alimente o seu código através de algo como Pygments, e cole a saída HTML diretamente no seu documento; a formatação de tags HTML deve substituir o estilo CSS.
Claro, talvez eu esteja errado e há uma maneira de aplicar um estilo no Word sem alterar a cor da fonte. Mas duvido, isso iria contra o propósito dos estilos.