No momento, não posso comentar sobre o meld, pois ele não está instalado, mas, para o kdiff3, o comando git difftool --dir-diff
funciona bem, por exemplo, para comparar quaisquer dois ramos remotos:
git difftool --dir-diff origin/branch1..origin/branch2
Para o kdiff, isso lista todos os arquivos que foram alterados em um painel e as diferenças para um arquivo selecionado são mostradas em outro painel - imaginaria que o meld faria algo semelhante. Pode demorar um pouco até o diff aparecer se houver muitas mudanças.