Às vezes, os instaladores colocam os arquivos necessários nos diretórios do sistema. Os desinstaladores têm conhecimento de onde esses arquivos estão e de todos os valores do registro a serem removidos. A menos que tenha certeza de que conhece todos os diretórios onde esses arquivos estão, é melhor deixar a desinstalação para o desinstalador.
Remover programas removendo diretórios quase sempre resultará em arquivos "restantes". Isso é uma prática ruim, pois com o tempo, esses arquivos perdidos se acumularão e ocuparão espaço em disco. Isso fragmenta os dados no seu disco rígido. Em seguida, quanto mais fragmentado for o disco rígido, mais lentas serão as operações de leitura do disco.