100 GB não é tanto em um mundo onde os drives de 1T estão se tornando comuns. Como você sabe que pode ler os dados, eu apenas os copiaria para outra unidade que tivesse espaço, depois fizesse um formato normal. Por que arriscar uma conversão inplace que você já se preocupa pode perder seus dados, dado que, claramente, já existe algo estranho acontecendo?