Existe uma diferença entre "não conseguir inicializar" e "não conseguir ler os dados" do sistema. Para impedir que as pessoas inicializem o sistema, você pode adicionar uma senha no nível do BIOS para acessar o disco rígido (não é possível inicializá-lo, mas não é uma criptografia e pode ser hackeado interferindo na bateria do CMOS) com a senha do BIOS. Para privar as pessoas da possibilidade de ler os dados que estão no seu sistema, é melhor usar criptografia de disco completo, como Truecrypt ou Bitlocker (ou muitos outros), mas existem outras possibilidades em diferentes plataformas.