Você deve ser capaz de parar a limpeza com segurança e não danificar a unidade. Você precisará, claro, refazer sua tabela de partições e reformatar a unidade.
No futuro, se você precisar limpar uma unidade, poderá fazer uma 'limpeza rápida' com a opção -q, que fará quatro etapas. Você pode especificar o número de passes para o apagamento rápido (se quatro for muito ou muito poucos) especificando -Qn, onde n é o número de passagens.