Supondo que sua empresa esteja usando o Active Directory, você poderá controlar essa (e a maioria das outras) configurações do Office por meio da Diretiva de Grupo.
Basta pegar os arquivos de modelos administrativos do Office 2013 (ADMX / ADML) e instalá-los.
Quando eles estiverem instalados, abra o console do Group Policy Management, crie uma nova política e edite-a.
Navegue até User Configuration -> Policies -> Administrative templates -> Microsoft Excel 2013 -> Excel Options -> Advanced
Haverá uma política chamada "Preencher automaticamente o Flash".
A partir de sua entrada de ajuda:
This policy setting controls the "Automatically Flash Fill" option found under File tab | Options | Advanced | Editing Options.
If you enable or do not configure this policy setting, Excel will enable automatic Flash Fill. This is the default behavior.
If you disable this policy setting, Excel will turn off the Automatic Flash Fill feature.
Nota: Apenas versões 'Business' do Office 2013 suportam configurações via política de grupo - Excluindo "Casa e empresa", que é mais Home than Business, por isso não suporta o uso de GPOs (apenas os ignora).