I want to install ubuntu on external SSD and use it as my primary OS and I want to keep my windows 8.1 on my primary HDD in computer for gaming and other stuff.
Desconecte seu disco rígido interno, conecte o ssd externo e instale o Ubuntu nele. Em seu UEFI, altere a ordem de inicialização para inicializar a partir de dispositivos removíveis antes dos discos rígidos. Agora, quando o ssd externo estiver conectado, o seu computador inicializará o Ubuntu e, quando não estiver, inicializará o Windows.
if i use it through USB port I might not be able to get the best out of my SSD.
Se suas velocidades são limitadas pela porta USB, isso dependerá de 2 fatores: qual a revisão da porta USB e quais são as velocidades máximas de leitura / gravação do SSD. Se você está usando USB3.0, então você está olhando para 5Gb / s (625 MB / s) para a interface USB, os dados mais comuns são em torno de 400-550 MB / s para leitura / gravação, então seu desempenho não seria ser cortado.