Quase todos os novos laptops têm uma partição de recuperação que permite redefinir o computador para o estado exato em que ele veio. Dessa forma, você não precisa de discos óticos, chaves de produto ou drivers adicionais para reinstalar o sistema operacional.
Agora, redefinir o sistema significa que todos os dados em pelo menos uma partição precisam ser excluídos. Geralmente, isso afeta apenas a unidade C.
Is C: meant to install programs only and D: meant to save all the documents I created?
Precisamente. Após uma reinicialização do sistema, a unidade C terá sido limpa, enquanto todos os dados na unidade D permanecerão intactos.
I am not sure if this is the purpose as by default, in Windows, My Documents and all other libraries reside in C: too.
Este é um exemplo clássico de ter uma boa ideia e executá-la mal. Mover a pasta Meus documentos é bastante fácil. Como alterar o local padrão da pasta Meus documentos explica como.