Isso acontece devido à forma como a Lista de Controle de Acesso é consultada pelo Windows Explorer para determinar se a pasta é compartilhada. Como essa pasta que você tentou excluir é uma pasta filha de uma pasta pai e as duas pastas têm entradas de segurança diferentes, o Windows tratará como uma pasta compartilhada. Isso faz com que o Explorer forneça o aviso que você recebeu.