Para adicionar essas diretivas ao Apache via WHM você as adicionaria via:
Configuração do Apache > Incluir editor > Pre Main Incluir
e, claro, com o novo problema com o Poodle e a desativação do SSL v3, você provavelmente desejará:
SSLProtocol ALL -SSLv2 -SSLv3
SSLHonorCipherOrder On
SSLCipherSuite ECDH+AESGCM:DH+AESGCM:ECDH+AES256:DH+AES256:ECDH+AES128:DH+AES:ECDH+3DES:DH+3DES:RSA+AESGCM:RSA+AES:RSA+3DES:!aNULL:!MD5:!DSS
No entanto, acredito que você também precise atualizar as configurações do conjunto SSL Cipher dentro de
Configuração do Apache > Configuração Global > Suíte de criptografia SSL
para algo assim:
ALL:!ADH:RC4+RSA:+HIGH:+MEDIUM:-LOW:-SSLv2:-EXP:!kEDH:!aNULL
Certamente, quando atualizei meus servidores para desabilitar o SSLv3 e também desabilitei as cifras que permitem a autenticação anônima, fazendo o primeiro bit sozinho ainda mostrei meu servidor como estando disponível, mas fazendo a segunda parte como bem fixa.