Francamente, acho que você preferirá usar a solução ffmpeg . Mas achei que o mencoder ( mplayer 's encoder) poderia fazer isso também ... e pode, mas apenas como um efeito colateral - já que é construído sobre um player, ele só pode processar um fluxo de áudio de cada vez. Se você estivesse revertendo o processo (adicionando um segundo fluxo de áudio a um arquivo que tivesse apenas um), você precisaria de uma ferramenta diferente.
A opção -aid X seleciona o fluxo de áudio (substitua X pelo número de ID do fluxo). Parece que a saída mplayer que você citou mostra os números de ID corretos, portanto, tente usá-los. Isso mantém o primeiro fluxo de áudio (use -aid 2 se você quiser o segundo):
$ mencoder orig.avi -o new.avi -oac copy -ovc copy -aid 1
Outras ferramentas AVI de linha de comando que podem ajudar são:
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avidemux(você pode criar scripts com-nogui) -
transcode