TL; DR: Como as páginas da web são realmente aplicativos e abrir um pop-up quando não é esperado que ele seja aberto pode introduzir um estado indefinido.
As pop-ups são exibidas usando JavaScript. Às vezes, um script pode esperar alguma reação de uma janela pop-up. Quando um navegador bloqueia um pop-up, ele deve notificar o script de que algo deu errado, por isso, é necessária uma ação apropriada. (Ou apenas cancela script inteiro, não é importante para esta questão)
Se você abrir o popup mais tarde, talvez queira reagir com o script que tentou mostrá-lo. Mas a execução do script terminou e o aplicativo entrará em um estado que nunca poderia ser inserido em um fluxo de aplicativo normal, portanto, é muito provável que o aplicativo não consiga manipulá-lo corretamente. O que pode acontecer?
- Nada. É possível que nada de ruim aconteça, mas você não pode ter certeza.
- Os scripts podem quebrar, tornando o aplicativo inutilizável até você atualizar a página da Web ou, às vezes, até que você limpe seus cookies.
- Algo inesperado pode acontecer, possivelmente criando uma falha de segurança.
Os resultados exatos de abrir um pop-up mais tarde não podem ser previstos de forma programática; portanto, o IE está impedindo que você quebre algo. Se você recarregar uma página da Web, os scripts serão processados novamente, mas com pop-ups exibidos à direita momentos.