Em circunstâncias normais, é perfeitamente seguro, desde que você esteja usando aquele projetado para sua versão do Windows.
No entanto, é possível que existam arquivos importantes nos clusters defeituosos, que não foram marcados como ruins, e esses clusters podem estar funcionando de forma intermitente. Ao "corrigi-los", a unidade ignora esses clusters e, portanto, esses arquivos ficam inacessíveis.
Mas então você vai e tenta recuperar os clusters defeituosos e você pode conseguir algumas vezes de volta. Costumava acabar com arquivos como "? Utoexec.bat" e outros; Não tenho certeza de como isso funciona recentemente.