Isso me parece que você instalou os binários da biblioteca, mas não os cabeçalhos e outros arquivos suplementares necessários para o "desenvolvimento" (que inclui simplesmente compilar aplicativos prontos que fazem uso da biblioteca).
Procure por pacotes com nomes como gsl-dev
, gsl-headers
e os gostos. Aqueles (-dev etc.) geralmente contêm os arquivos necessários para compilar o software contra a biblioteca em questão. Instale o pacote apropriado e tente novamente.
Além disso, procure por um arquivo INSTALL, BUILD (ou similar) na árvore do código-fonte. Geralmente há uma etapa configure
que você está omitindo no conjunto de comandos que você lista em sua postagem.