Bem, a fim de tentar recriar o seu problema, eu estava sentado aqui com o mesmo problema, sem qualquer pista de como corrigi-lo.
Quando você tenta alterar a associação de tipo de arquivo novamente, não há nenhuma opção para reverter para o estado original.
Como consertei isso, eventualmente, é através do uso deste site:
link
Existe um howto no site em si, mas o procedimento é muito simples. Procure o link para o tipo de arquivo LNK na página, baixe o zip que inclui um arquivo .reg. Abra esse arquivo .reg, concorde com a mensagem de segurança e, depois que terminar, efetue logoff e on e o tipo de arquivo .lnk será associado novamente ao estado original.