A parte importante é que suas partições são criadas alinhadas em um limite de 4 KB, não o tamanho do setor da partição formatada. Por padrão, o Windows XP não cria partições com esse tipo de alinhamento, e as unidades precisam executar uma operação de leitura-modificação-gravação em dois setores internamente para cada operação de gravação.
A ferramenta de um fornecedor garantirá que suas partições estejam alinhadas e as modifique para que fiquem, se ainda não estiverem. O Windows Vista e o 7 criarão partições adequadamente alinhadas. Não tenho certeza sobre como as ferramentas Linux / BSD se comportam, mas imagino que as ferramentas recentes funcionarão corretamente.