Com o Win 8 (e provavelmente o Win 10), quando você faz um desligamento normal, ele realmente faz um desligamento especial de "inicialização rápida", onde nem tudo é realmente liberado para que possa inicializar mais rapidamente. Se você segurar SHIFT ao clicar no botão de desligamento, ele fará um desligamento completo e adequado. Você provavelmente perceberá que esse tempo leva várias vezes mais tempo para ser desligado do que anteriormente.
No Win 8 (e provavelmente no Win 10), quando você clica em reiniciar, ele faz o desligamento completo.
No seu caso, você parece ter desligado seu sistema normalmente (resultando em 'inicialização rápida') e, portanto, as partições podem não ter sido liberadas corretamente. Para evitar isso, inicie o Windows 10 novamente, mantendo pressionada a tecla SHIFT, clique no desligamento, que executará o desligamento completo, liberando todos os recursos (incluindo partições). Agora, você deve ser capaz de clonar usando o Clonezilla.