O Notepad ++ faz isso marcando ou marcando as linhas.
Exemplo de arquivo;
AgorapressioneCtrl+HecliquenaabaMark.Digiteoscritériosdepesquisa,,cliquenacaixadeseleçãoBookmarklineefinalmentenobotãoMarkAll.
Agora, com as linhas marcadas como favoritos, no menu suspenso, clique em Pesquisar - > Bookmark, e há uma infinidade de opções; quer você queira copiá-los para outro arquivo, removê-los completamente, etc.
Como nota final, verifique se o Notepad ++ está atualizado, pois os recursos foram adicionados desde que você fez esta pergunta. A versão atual, por escrito, é v6.6.3