Você pode modificar o código da seguinte forma:
~lButton::
if (A_PriorHotKey = "~lButton" && A_TimeSincePriorHotkey < "500") {
if (cos_class == "Emacs")
sendinput !w
else
sendinput ^c
}
// rest of code //
Ajuste 500 para valores maiores ou menores em milissegundos se você clicar duas vezes mais rápido / mais devagar.