Tente ativar a extensão "Observador de bibliotecas":
Editar - > Preferências - > Extensões
Isso, com a opção Organizar músicas e pastas, é assim que mantenho minha música organizada automaticamente. Você não precisa redigitalizar a biblioteca de músicas com este plug-in ativado, se você arrastar e soltar um arquivo na janela ou adicioná-lo à pasta de origem de música configurada no banshee, ele será adicionado automaticamente.