No Python, você pode obter a lista de pacotes instalados desta maneira:
import apt
packages = apt.Cache()
packages.open()
installed_packages = [i.name for i in packages if i.is_installed]
Se você quiser saber mais informações sobre os pacotes, o processo é um pouco mais complicado. Veja a documentação do módulo apt do Python para todas as informações disponíveis. Além disso, você pode pesquisar a origem do Centro de Software para descobrir o que eles fazem.
Você não obterá essas informações simplesmente observando algum arquivo em algum lugar ou executando um comando simples. Você precisará fazer alguns scripts.
EDIT: Acredito que o Centro de Software obtém sua lista de pacotes para mostrar os pacotes que enviam arquivos .desktop. Pode ser mais complicado do que isso, mas você pode facilmente filtrar a lista para os pacotes que estão instalados e ter um arquivo .desktop. Este exemplo continua meu código anterior:
import os
desktop_files = ['.'.join(i.split('.')[:-1]) for i in os.listdir('/usr/share/applications')]
installed_in_software_center = [i for i in installed_packages if i in desktop_files]