Você determinou que algo não pode gravar no registro (RegSetValue) devido ao acesso negado (5). Isso pode ser muitas coisas, desde corrupção de disco, até uma extensão do Explorer de terceiros com falha e tudo o que estiver no meio. :)
Os erros que você está vendo no log de eventos podem não ser o problema, mas simplesmente um sintoma.
Comece com a solução básica de problemas, como 'Modo de segurança' e verificação de disco somente leitura. Veja como eles se comportam e o que eles dizem.
Tente o MSConfig para desativar algumas coisas e ver o que isso faz.
A ideia da jcopenha de Process Monitor também é boa (mas pode ser um exagero para onde você está no processo por enquanto).
Existe uma empresa na web chamada Soluto , que é toda sobre descobrir por que o tempo de inicialização do Windows é lento, talvez eles possam ajudar?
De lá, se você ficar preso, volte e faça outras perguntas específicas.