Esse comportamento do Equation Editor é por design e não há como excluir B sem excluir os parênteses. O programa avalia os parênteses como um objeto inteiro: (◻)
O que você pode fazer é (especialmente quando o conteúdo entre parênteses é mais longo) clicar duas vezes no conteúdo para selecioná-lo, e usar CTRL + X para cortá-lo para ser colado depois.