Pare de gravar na unidade imediatamente.
A clonagem é certamente possível, mas a menos que você queira fazer alguma recuperação de arquivos ou ter um sistema operacional lá, você pode copiar os arquivos pelo sistema operacional.
Se você quiser clonar, recomendo o Norton Ghost.
Para recuperação de arquivos em NTFS, eu recomendaria findntfs ou "HandyRecovery" se você preferir um aplicativo GUI.
Depois de ter um backup, você pode investigar mais para ver se a unidade realmente está falhando. A melhor maneira é ler os atributos "SMART" da unidade. Existem vários aplicativos gratuitos que fazem isso. Eu recomendaria o " Seatools " da Seagate. (Seu fabricante provavelmente tem algo equivalente, mas isso deve funcionar com qualquer unidade de qualquer maneira)