As atualizações do Windows devem criar um ponto de restauração do sistema antes de instalar a atualização , então você deve ser capaz de reverter isso.
Como restaurar o Windows XP para um estado anterior descreve as etapas para reverter para um ponto de restauração e, embora seja obviamente o Windows Específico do XP, o processo deve ser semelhante para o Server 2003.
Observe que você pode iniciar a GUI de restauração do sistema a partir de um prompt de comando
%systemroot%\system32\restore\rstrui.exe
mas não tenho certeza se é possível executar uma restauração real dessa maneira.