Eu uso meu grande LCD como principal e meu laptop como satélite. Uma vez que você os tenha trocado, o sistema se lembra, então, mesmo que você desconecte, desligue e reconecte, ele voltará do jeito que você o fez.
Verifique o applet de preferências do Monitor padrão (Monitores). Contanto que você tenha "Mesmas Imagens em todos os monitores" desmarcada, você pode arrastar as representações de seus monitores para que elas fiquem como você deseja.
Esta é uma foto da minha configuração