Você não pode atualizar diretamente os dois. Meu entendimento disso é que a atualização reutiliza tantas coisas quanto possível, e a reutilização de componentes de 32 bits poderia frustrar o propósito.
A maneira que eu faço é criar um backup do seu diretório home, instalar o Ubuntu de 64 bits e restaurar o diretório home a partir do backup. Como a maioria das configurações, se não todas, estão no diretório inicial, tudo deve ser preservado. Você precisará reinstalar todos os seus aplicativos, mas isso deve ser bastante simples.
Para o backup, ative os arquivos ocultos (Ctrl-H), selecione todos os seus arquivos (Ctrl-A) e copie-os para uma unidade externa. Você deve desconectar a unidade antes da instalação por motivos de segurança. Quando terminar a instalação, copie os arquivos de volta. Você precisará ativar os arquivos ocultos novamente se quiser que suas configurações sejam preservadas, pois a maioria delas está em diretórios ocultos.