O "segredo" é fazer a fórmula com "referência relativa", portanto, se a sua fórmula tiver esta aparência: = $ B $ 2 > $ A $ 2
depois, remova o sinal $ antes do número da linha para que fique assim: = $ B2 > $ A2
Com isso, você realmente não precisa copiar a formatação condicional. Você pode selecionar um intervalo inteiro antes de aplicá-lo e inserir a fórmula como se tivesse selecionado apenas a primeira célula na parte superior. O Excel saberá aplicar as fórmulas corretas a todas as outras células no intervalo (supondo que o intervalo seja uma coluna). Ou você pode aplicar essa fórmula à primeira linha e copiá-la com o pintor do formato.
Espero que isso seja útil.