Você pode usar essa regex na caixa de diálogo Pesquisar e substituir:
^(.*?)$\s+?^(?=.*^$)
e substitua por nada.
Você precisa verificar as opções "Expressão regular" e ". corresponde à nova linha":
Explicação de regex:
^
corresponde ao início da linha
(.*?)
corresponde a todos os caracteres 0 ou mais o menor número possível. A linha correspondente é armazenada por causa dos colchetes ao redor e acessível usando
$
corresponde ao final da linha
\s+?^
esta parte combina todos os caracteres em branco (novas linhas!) até o próximo Início da linha == > Isso remove as novas linhas
(?=.*^$)
esta é uma afirmação positiva antecipada. Esta é a parte importante neste regex, uma linha é apenas correspondida (e removida), quando há exatamente a mesma linha seguinte em algum outro lugar no arquivo.