Você terá que configurar o CDROM como escravo.
Este tópico tem exatamente essa questão. Um dos post afirma que configurar o CDROM como master fará com que o disco rígido opere lentamente.
Apesar de este post de 2004 afirmar:
The CD ROM drive should be on the secondary channel, jumpered as master. Windows does not work well with a hard drive and CD ROM drive on the same channel on the same ribbon cable
Embora as coisas possam ter mudado desde então,