Você pode tentar definir a aparência padrão do Java para o GTK:
Abra um terminal (Ctrl + Alt + T) e cole o superior para o openjdk e o inferior para o sun java.
gksu gedit /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/swing.properties
gksu gedit /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/lib/swing.properties
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Siga o comentário nesse arquivo e remova o sinal de hash para que pareça:
# uncomment to set the default look and feel to GTK swing.defaultlaf=com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel
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Salve e reinicie o aplicativo java.
Antes e depois: